A la hora en que la instalación nos pide modificar los archivos de configuración, en /etc/mkinitcpio.conf agregamos usb en la siguiente linea:
HOOKS="base udev autodetect pata scsi sata usb filesystems"
Luego de esto al instalar grub, modificamos para nuestra partición raiz sea el root de grub , pero siempre ponemos cero en el numero de disco:root (hd0,X) donde X es el numero de nuestra partición raiz menos 1.
Luego elegimos que se instale en el dev que corresponda a nuestro disco externo.
Terminamos la instalación y reiniciamos nuestro nuevo sistema.